HugFlashメインモードのVIDEO設定にある、下図のようなボタンから設定をします。
Flash8からアルファチャンネルビデオがサポートされました。
無条件で未圧縮のRGBA32bitのAVIファイルを作成します。
2GBを超える時は圧縮を促すコンポーネントが出ますが、
アルファ出力に対応したコーデックでないとアルファ情報は無視されてしまうと思います。
アルファ出力に対応したコーデックとして『huffyuv』などがあります。
通常は必要ないと思いますので、チェックを外してもぜんぜん問題ありません。
もともと上下反転でおさめられていて、それを正常にするためにデコード処理をしていますが、
そのままでいいのであれば相当な時間短縮になります。
デコード、再エンコードしない場合でも、再生にはVP6コーデックは必要なのでそれはお忘れなく。
なお、『ffdshow依存形式で出力』にチェックを入れていて、『画像出力』ではない場合、ここの設定は無視されます。
VP6→AVI出力の際、通常はDirectShowのフィルタを使ってデコードしますが、
哀しいことに処理速度が遅くなってしまいます。
それに対し、VFWにも対応した旧版VP6コーデックを導入して、
これにチェックしてVP6→AVI出力すると比較的ストレスなくデコードできます。
ただ、現在On2の公式サイトではDirectShowのみの対応バージョンが公開されているので(現在非公開？)、 正式な形でVFW対応のコーデックを入手することはできません。
VFW版に興味のある方はWEB検索してみるといろいろ参考になるサイトが見つかるでしょう。
なお、VFW版はあくまでも旧版で、いくらかのバグを含んでいる可能性があります。そのことを留意しておいてください。
なお、VFW版が導入されていないとき、または横幅が4で割り切れないサイズのときは強制的にDirectShowフィルタの使用を試みます。