コーデックの入手は以下の公式サイトからどうぞ。
『認定プロファイル』は画像の解像度やフレームレートによって変えなければなりません。
例えば640x480の解像度を『Mobile』でやろうとしても失敗します。
各々選択すると、それに関する説明が出てくるので、その最大範囲に注意して設定してください。
実行毎に変えるのも良いですが、固定できるならそうするのが楽かと思います。
『エンコーディングプリセット』は『スピード優先』か『画質優先』によって変えるべきでしょう。
リアルタイムエンコーディングなら左寄りで行くのがいいかと思います。
あと、ご親切にビットレート計算機なるものがついています。大いにご利用ください。
とりあえずエンコードしたいなら以上の設定で良いです。応用は他にお任せします。